Tarih öncesi devirlere ait mağara yapıtlarının mevcut olması dolayısıyla bazı kaynaklara göre ilçenin tarihi milattan önceki yıllara dayandırılmaktadır. İkinci milenyumun başında Türklerin akınlarıyla Türkleşmiş ve bugün de Türkiye sınırları dahilindedir.
İlçenin adının Phacisane (Fatsa), Hapsamina (Hapsamana- Gölköy), Oinoie (Ünye) gibi aynı tür isimlere benzer şekilde ve bu isimlerle aynı devirlerde (Pontus Krallığı dönemi) verildiği muhtemeldir. Çünkü ilçe topraklarında bu devirlere ait yaşam izleri mevcuttur. Aybastı’nın verimli ve sağlıklı yaşama elverişli toprakları her devirde insan topluluklarının ilgisini çekmiştir. Yunan kaynaklarına göre Aybastı’yı da içine alan bölgede egemenlik sürmüş ilk halklar Kalipler, Kolk, Kokonlar ve Tibarenlerdir. Bu kavimler uzun bir süre Hitit, Pers, Med ve Pontus devletlerine bağlı olarak yörede egemen oldular ve demircilikle uğraştılar. MS 70'li yıllarda bölge Peçenek ve Uz Türkleri’nin akınarıyla işgal edildi. Dillerini ve geleneklerini unutmayan bu Türk boyları daha sonra gelen Türk Boyları ile bütünleşmişlerdir. Roma İmparatorluğu’na bağlı unsurların Anadolu’yu ele geçirmeleri sonucu Aybastı çevresindeki yerleşim yerleriyle beraber önce Sivas Dukalığı’na daha sonra da Trabzon Eyaleti’ne bağlandı. Roma İmparatorluğu’nun ikiye bölünmesi sonucu MS 395 Aybastı Doğu Roma İmparatorluğu’nun topraklarında kaldı.
Orta Asya'dan kopup gelen Türk Boyları İran toprakları üzerinde kurdukları Büyük Selçuklu Devleti'yle Bizans İmparatorluğu'na komşu büyük bir imparatorluk kurarak Anadolu'ya akınlar düzenlediler. 1054'te Van Gölü civarına gelen Sultan Tuğrul Bey ordularını üç bölüme ayırarak bir kolunu Kafkas Dağları, Erzincan Yöresi ve Canik Ormanlarına yöneltti. Bu akınlara, 1071'de Malazgirt Meydan Muharebesi'nin kazanılmasıyla geriden gelen Türk kuvvetleri destek verdiler. Selçuklu sultanı Alpaslan'ın komutanlarından Artuk Bey, Afşin, Kutalmış Oğlu Süleyman Şah gibi komutanlar yöreyi de içine geniş bir alanda fetih hareketlerine başladılar. Kutalmış oğlu Süleyman fethettiği toprakları kendine bağlayarak Anadolu Selçuklu Devleti'ni kurdu. Bu sırada Süleyman Şah'ın dayısı Danışmend Taylı Beyin oğlu Gümüştekin Ahmet Gazi Orta Anadolu’da Sivas, Amasya, Tokat ve Niksar yörelerini fethederek Anadolu Selçuklu Devleti’ne bağlı Danişmentli Beyliği’ni kurdu. Selçukluların taht mücadelelerinden yararlanarak bağımsızlığını ilan etti. Selçuklular ile birlikte Haçlılar’a ve Anadolu Selçuklu Devleti’ne karşı çetin mücadeleler verdiler. Daha önce Sivas olan başkentlerini güvenlik nedeniyle Niksar’a taşıdılar. Ahmet Gazi’nin yerine geçen oğlu Melik Emir Gazi Beyliği’nin sınırlarını bilhassa sahile doğru genişletmek amacıyla Canik denilen bölgeye seferler düzenledi. İlk etapta doğuda Mesudiye, İskefsür ve Aybastı; Batı'da ise Ünye, Fatsa bölgeleri Danişmentlilerin eline geçti. Aybastı, Canik diye bilinen yörenin Niksar’a göre ilk bölümlerinden olması nedeniyle Türklerin eline geçen ilk yerlerdendir. Daha sonraki yıllarda bazı yerlerin Bizans’a geçmesi üzerine Danışmentli Melik Muhammed yöreye bir sefer daha düzenleyerek daha etkin hakimiyet sağladı. Danişmentli Hükümdarı Emir Nizamettin Yagıbasan 1157'de Ünye üzerine bir sefer düzenleyerek Ünye’den itibaren Bafra’ya kadar tüm sahili ele geçirdi, bir yıl sonra bu yerler antlaşma ile vergi karşılığı Bizans‘a terk edildi. 1175'te Emir Muhammed’in ölümü üzerine başlayan taht kavgalarına As Devleti Sultanı Kılıçaslan Danişmentli Beyliği’ne son vererek bölgeyi topraklarına kattı. İlçenin toprakları üzerinde, Kutlu Doğmuş Evliyası, Kümbet Evliyası etraflarında Danişmentliler devrinde yapılan savaşlarda şehit düşmüş asker ve komutanların mezarlarına rastlanmaktadır.
Moğolların Anadolu’yu işgali sonucu Anadolu Selçuklu Devleti yıkılınca ilçenin de içinde bulundğu topraklar İlhanlı Devleti, Eratna (İlhanlı) Beyliği, Kadı Burhanettin Beylikleri’nin topraklarında kaldı. Kadı Burhanettin ordusu ile İskefsür’e kadar gelmiştir. Aybastı ve yöresinin dağlık oluşu fetih sırasında Türkleri çok uğraştırmış, bu yüzden fetih uzun yıllar sürmüştür. Hatta Emir Melik Gazi’nin ilçemize düzenlediği bir sefer sırasında Kutlular’da Yaras mevkiinde yaralandığı, öteki komutanların askerlerine "Yarısını asın, yarısını kesin!" şeklinde emir verdiklerini, Emir'in acilen Niksar’a götürüldüğü sırada kanının damladığı yerlerin evliya olarak değerlendirildiği mahalle insanları tarafından anlatılmaktadır.
Osmanlı Devleti'nin egemenliğine girdiği dönemlerde, 1485 Yılı Tahrir Defterlerinde ilçenin adı Bölük-i Fidâverende'dir. Fidâverende’nin merkezi belli olmamakla birlikte Elbey Köyü olma ihtimali üzerinde durulmaktadır. İbassa ise Fidaverende’ye bağlı köyler envanterinde 1455’te 49 haneli bir köydür. Köy Yörgüç Paşa’nın Gulâmı (temsilcisi) Togan’ın tımarıdır. Köyde cami vardır. Seydi Ali Fakih imamlık Dervişoğlu Akdoğan Zaviyedarlık yapar. Köyde dervişler yaşar. Kızılot Karyesi’nde (Köyünde) 3 adet Derbentçi vardır. İbastı bu tarihlerde İskefsur kazası Şebinkarahisar Sancağı, Erzincan Eyaleti’ne bağlı bir nahiyedir.
İlçemiz Tokat, İskefsur, Niksar yöresini sahile Fatsa Limanı’na bağlayan en kısa ve emniyetli yol üzerinde olması nedeniyle çok önemlidir. İlçemiz topraklarında çok eski tarihlerde kullanılan bir ipek yoluna ait kalıntılar mevcuttur. Prof. Bahaettin YEDİYILDIZ Hocamızın eserine göre Fidâverende’nin nüfusu hane olarak komşu nahiyelerden daha fazladır. (İbassa 626 hane, Hapsamana 346 hanedir. İlçemiz 1485’te 643, 1520’de 1006, 1547’de 1590, 1613’te ise 1745 hane nüfusa sahiptir. Buradan harekele ilçemizde aşırı bir nüfus artışı olduğu göze çarpar.) Aybastı Osmanlı Padişahları’nın Doğu’ya düzenledikleri seferlerin yakınından geçmesi nedeniyle doğrudan etkilenmiştir. (Yavuz Sultan Selim’in Selemen Yaylası’nda konakladığı bilinmektedir.) Yöremizin idari merkeze uzaklığı ve ormanlık oluşu her devirde kanun ve asker kaçaklarının barınağı haline gelmiş. Yerli beyler her zaman problem çıkarmışlar, bu yüzden Osmanlı Devleti yöremizde her zaman fazla askeri kuvvet bulundurmuştur. III. Mehmet Döneminde Sancak Beyliği elinden alındığı iddiasıyla isyan çıkarıp devleti hayli uğraştıran ünlü Celali, Karayazıcı devlet kuvvetlerinden kaçarak Canik Dağları’nda Perşembe Yaylası’na sığınmış ve burada ölmüştür. (1603) İlçemizle ilgili daha net bilgileri Kudret EMİROĞLU’nun yeni yazıya çevirdiği 1869-1870-1871-1872-1873 ve 1874 tarihli Trabzon Eyaleti Salnameleri’nde rastlamaktayız.
Sefalık’ta tarihî bir fırın Bu kayıtlara göre bu yıllarda Aybastı Ordu kazasına bağlı nahiye idi. Nahiyede 143 hane Rum 983 hane Türk nüfus yaşar. Nahiyede 13 cami, 10 hatip, 5 adet Kilise, 7 adet Rahip, 11 adet Müslüman mektebi, 2 Rum mektebi, 1 adet medrese, 1 adet de müderris bulunmaktadır. Ayrıca nahiyede belediye teşkilatının mevcut olduğu reisin İbrahim Ağa Azanın da Abdulkadir Ağa olduğu kayıtlarından anlaşılmaktadır. 1870 yılında nahiyedeki nüfus toplamı 1126 hane = 4307 kişidir. Nahiye müdürü Necip Ağa, Katibi Süleyman Efendi’dir. 1874 yılında ise Aybastı, Görele, Vakfıkebir ve Sürmene ile padişah iradesi ile kaza yapılmış olup, Kaymakamı Ali Ağa Katibi Ahmet Efendi’dir. 1872 yılı Salnamesinde o devirlerde kullanılan takvimde 31 Mayıs’ta Perşembe Panayırı kaydına rastlanmıştır. Aynı eserde “Aybastı Nahiyesinde tul ve arzları birer buçuk saat mesafeli beş altı adet orman olup bu ormanlarda yalnız gürgen ağaçları vardır. Hasıl olan kereste yalnız derun-i nahiye ebniyasına sarf olunarak yolları gayet sa’bel- mürur olduğundan ahir mahalle nakil edilememektedir.”ifadeleri yer almaktadır. Aybastı nahiyesinin kaza ve vilayete olan uzaklıkları yaya olarak belirlenmiştir. Buna göre Aybastı’nın Ordu Kazasına uzaklığı 18 saattir. Trabzon’a uzaklığı ise 63 saat olarak tespit edilmiştir. İlçede o yıllarla ilgili nahiyede tüfenk, tabanca, çakmak imal edilir. Nahiye dahilinde sarf edilir. Ayrıca Kuzköy’de Şeyh Halil, Şıhlı’da Şeyh Kutlu Doğmuş, Akfatma’da Şeyh Hasan adlı veliler metfundur. denilmektedir. 1874 yılında kaza yapıldığını gördüğümüz Aybastı’nın merkezinin belli bir yerde değil yöre ileri gelenlerinin merkezi idareye baskı ve etkileri sonucu Sefalık Köyü (Konak yanı) ile Esenli Köyü (Cami yanı) arasında yer değiştirdiği görülmüştür. Merkez bir ara 1854 yılında gelerek Sefalık’a yerleşen Hazinedar Oğulları’nın bulunduğu Sefalık’a geçmiş (burada halen mevcut olan tarihi hamamlar, fırınlar bu devirde yapılmıştır) Daha sonraki yıllarda (1900) ilçe ya da nahiye merkezi Esenli ağalarının etkinlikleri sonucu eski yerine geçmiş. İlçe merkezinin bugünkü yere kurulmasında Remzi Efendi ve Rüştü Efendi adlı kişiler önderlik etmişlerdir. Bugünkü Merkez Camii o yıllarda yapılmıştır.
Aybastı, 1945 yılında ilçe olan Gölköy’e bağlı bir nahiye olarak bağlanmış, şehrin hızla gelişmesi sonucu 1957 yılında ilçe olma hazırlıkları başlatılmış, 1959'da da ilçe olmuştur. Bu yıllarda Belediye Teşkilatı geliştirilmiş sonra İbrahim Gökalioğlu ilk Belediye Başkanı seçilmiştir. Daha sonraki yıllarda kurulan Esenli Köyü Kalkınma Kooperatifi sayesinde ilçeden Almanya’ya çok sayıda işçi gönderilerek ilçenin yaşam düzeyi geliştirilmiştir.